嘉庆十七年(1812)汉中府知府严如煜、南郑县知县杨大垣等捐资增建文昌祠、奎星阁及斋房10间，仓2间，又丈量书院田地，并捐银1500两、钱2000串发商营运，取息充膏火费。时订条规，规定每年二月初开馆，十一月散馆。每月官课1次，馆课2次，小课3次。生童各发功课簿，记录每天所习功课，院长抽签检查。咸丰末年，县令周蕃寿、陕甘道何承勋等人捐银4000两复兴书院。后又筹银19200两另建中梁书院以课南郑县生童，以“汉南”为府属书院，课府属各县生员。清道光年间，汉中知府杨名扬，牵头主持整修汉南书院，翻修增加了一些房舍，剩余银两充为办学基金。同治二年(公元1863)，书院突遭火患，斋舍焚毁殆尽，学田簿籍又遭烧失。同治四年(公元1865)，时任江西巡抚的西乡县人李文敏，闻知书院困境，捐银2000两，各界人士又踊跃乐捐，书院得以恢复。光绪三十一年(1905)知府恩开改建为汉中中学堂。

光绪初年，褒城王屏山因目疾辞官归里，他热心公益，亲任书院长，将家产变价银3200两弥补学院空亏。期间，还建成斋舍四十余间，可接收生童240余名，所见汉南书院遗存建筑，基本上都是这一时期的建筑风格。

汉南书院是清代以来汉中最著名的学府，也是知名的人才摇篮。从书院历史看，每一时期均不乏大量栋梁之才，如嘉庆时期洋县岳震川、李友竹，城固韩履宠，南郑陈道坦，咸丰同治时期西乡李文敏，城固王烈，宁强陈才芳等等，不一而足。

汉南书院堪称汉中乡土文献的聚集地，如清嘉庆年严如煜原辑、城固高万鹏补注的《山南诗选》，这是山南、今汉中、安康，历史上的一部诗选；清同治年罗秀书等人的《褒谷古迹辑略》，还是研究石门石刻的要籍之一。

如今，在汉中中学（现名：实验中学）的校园里，还残存着汉南书院的大门、二门、礼堂、教员院、莲池遗址，以及众多的石刻遗存标本。步入其中，历史沧桑感油然而生。也让我们记住：这里曾是汉中圣贤读书、科举求名的理想场所。